| 2003(平成15)年 04月 | 株式会社スクウェアを株式会社エニックスに吸収合併し、商号を株式会社スクウェア・エニックスに変更 | |
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| 2003(平成15)年 07月 | 本社移転（東京都渋谷区代々木） | |
| 2003(平成15)年 10月 | 米インテルとPC及び携帯端末での先進的なゲーム体験の実現に向け協力を発表 | |
| 2004(平成16)年 01月 | TVと直接つないで遊ぶ体感RPG「剣神ドラゴンクエスト 蘇りし伝説の剣」がデジタルコンテンツグランプリ2003においてデジタル玩具賞受賞 | |
| 2004(平成16)年 01月 | 「鋼の錬金術師」が第49回小学館漫画賞を受賞 | |
| 2004(平成16)年 02月 | NTTドコモの携帯電話FOMA(R)向けに「ドラゴンクエスト」、「ファイナルファンタジー」の完全移植版を開発・提供開始 | |
| 2004(平成16)年 03月 | プレイステーション2用ゲームソフト「ドラゴンクエストV」発売 | |
| 2004(平成16)年 03月 | 米ソフト開発会社UIEvolution Inc.を買収 | |
| 2004(平成16)年 05月 | 米Sony Online Entertainmentと「EVERQUEST II」日本語版の開発・販売・サービス提供で合意 | |
| 2004(平成16)年 07月 | DVD映像作品「ファイナルファンタジーVII アドベントチルドレン」を第６１回ヴェネチア国際映画祭へ出品 | |
| 2004(平成16)年 07月 | 北米および欧州子会社に新経営体制を導入。併せて、商号を各々SQUARE ENIX, INC.、SQUARE ENIX LTD.へ変更し、グローバル市場におけるコーポレートブランドを統一 | |
| 2004(平成16)年 11月 | ゲームボーイアドバンス用ゲームソフト「キングダムハーツ チェインオブメモリーズ」発売 | |
| 2004(平成16)年 11月 | プレイステーション2用ゲームソフト「ドラゴンクエストVIII 空と海と大地と呪われし姫君」発売 | |
| 2004(平成16)年 12月 | 中国 清華大学 継続教育学院とデジタルコンテンツ分野において提携 | |
| 2005(平成17)年 01月 | 株式会社スクウェア・エニックス100％出資により、SQUARE ENIX (China) CO., LTD.（中国・北京市）を設立 | |
| 2005（平成17）年10月 | プレイステーション2用ゲームソフト「ドラゴンクエストVIII 空と海と大地と呪われし姫君」、第9回 CESA GAME AWARDS 最優秀賞、ベストセールス賞をダブル受賞 | |
| 2005（平成17）年12月 | プレイステーション2用ゲームソフト「キングダム ハーツII」発売 | |
| 2005（平成17）年9月 | 株式会社タイトーを連結子会社化 | |
| 2005（平成17）年9月 | DVD映像作品「ファイナルファンタジーVII アドベントチルドレン」をヴェネチア国際映画祭へ2年連続出品 | |
| 2006（平成18）年10月 | プレイステーション2用ゲームソフト「ファイナルファンタジーXII」が『新日本様式100選』に選出 | |
| 2006（平成18）年10月 | ニューヨーク市において2006年10月11日が「FINAL FANTASY XII DAY」に認定 | |
| 2006（平成18）年11月 | 北米における当社グループ会社を統括する持株会社として、SQUARE ENIX OF AMERICA HOLDINGS, INC. （米・カリフォルニア州ロスアンゼルス）を設立 | |
| 2006（平成18）年3月 | 株式会社タイトーを完全子会社化 | |
| 2006（平成18）年3月 | 劇場版「鋼の錬金術師 シャンバラを征く者」、第5回東京アニメアワードでアニメーション・オブ・ザ・イヤー、原作賞、音楽賞をトリプル受賞 | |
| 2006（平成18）年3月 | プレイステーション2用ゲームソフト「ファイナルファンタジーXII」発売 | |
| 2006（平成18）年4月 | 松下電器産業株式会社と、シームレス・コンテンツの開発および利用環境の共同構築を開始 | |
| 2006（平成18）年5月 | 株式会社ゼイヴェルと「株式会社スタイルウォーカー」設立 | |
| 2006（平成18）年5月 | 株式会社 学習研究社と「株式会社SGラボ設立」。シリアスゲーム事業に参入 | |
| 2006（平成18）年9月 | プレイステーション２用ゲームソフト「ファイナルファンタジーXII」が、日本ゲーム大賞2006で大賞を受賞 | |
| 2007（平成19）年3月 | 株式会社ゼイヴェルとの合弁会社、株式会社スタイルウォーカーが、ファッションSNS「スタイルウォーカー」のサービスを開始 | |
